Nicht mehr intakte Regenmoorflächen bezeichnen Biologen als "degeneriertes" (rückgebildetes) Regenmoor. Mit der Zerstörung des Moores nimmt die Pflanzenvielfalt zu. Im "kaputten" Armmoor wachsen u. a. Adlerfarn, Besenheide, Birken und Pfeifengras. Diese unerwünschten Pflanzen verdrängen die typisch schwachwüchsige Moorflora. Seit Jahren bekämpfen die Landschaftsschützer die Problempflanzen durch Mahd, Abholzung, Teilabschiebungen des Oberbodens und Schafbeweidung.
Diese Pflanzen gefährden beispielsweise die einzigartigen und spezialisierten Regenmoorpflanzen:
Auf stark entwässerten Flächen gedeihen Moor- und Sandbirken. Drei Gründe sprechen gegen Birken in der Kernzone eines Moores:
Wenn die Birken durch Motorsäge auf dem Stock gebracht wurden, verbeißen die Moorschnucken die jungen Triebe und Blätter recht erfolgreich.
Das Heidekrautgewächs ist eine Pionierpflanze und kommt natürlich auf sonnigen bis lichten Standorten, vornehmlich auf kalkfreien Sanden vor. Der immergrüne Zwergstrauch wächst bevorzugt auf trockenen, aber auch auf wechselfeuchten Böden. Trotzdem ist die Besenheide regenmooruntypisch und gilt als Folgevegetation der zu trockenen Torfflächen. Bei den Moorschnucken ist sie ein beliebtes (Winter-) Futter.
Das Pfeifengras ist ein Anzeiger von Nährstoffen und auf ausgetrockneten Moorflächen weit verbreitet. Es wächst sehr dicht und verdrängt die regenmoortypische
Vegetation. Schafe verbeißen strohige Gras nur ungern; daher hilft frühe Beweidung und Schlegelmahd.
Die Spätblühende Traubenkirsche stammt aus Nordamerika und zählt in Europa zu den problematischen Neophyten. Neophyten sind Pflanzen, die sich ohne oder mit menschlicher Einflussnahme in einem Gebiet etabliert haben, in dem sie zuvor nicht heimisch waren. Früher wurde sie wegen ihres wertvollen Holzes gezielt angepflanzt. Sie gedeiht am besten auf feuchten, sauren bis schwach basischen Sand- und Lehmböden.
Als sehr invasive Pflanze breitet sie sich unkontrolliert aus und verwildert stark. Im Großen Torfmoor wird sie gezielt bekämpft. Die Traubenkirsche sollte möglichst mit kompletten Wurzelwerk entfernt werden. 2015 kam erstmals dazu ein Rückepferd zum Einsatz.
Adlerfarn wächst auf nährstoffarmen Böden. In schwer gestörten Gebieten bildet die Säure liebende Pflanze reine Farndickichten. Im Moor wird die Ausbreitung durch trockene Böden oder an Wegrücken mit starkem Relief begünstigt. Als Gegenmaßnahmen werden teilweise der Oberboden abgeschoben, die Forstfräse eingesetzt oder die Flächen vernässt.
Die Karnivore ist frostfest, winterhart und konkurrenz- bzw. ausbreitungsstark und bedroht viele kleinere einheimische Pflanzen. Im Großen Torfmoor wurde die nicht standortgerechte rote Schlauchpflanze vermutlich illegal ausgepflanzt. Seit dem Life-Projekt wird sie gezielt ausgegraben.
Die Herkunft der Kanadischen Goldrute liegt in den USA und dem südlichen Kanada. Dort siedelt sie auf Prärien, Ruderalflächen (stickstoffreiche Schutt- und Abfallplätze) und in nicht zu dichten Wäldern. Im 17. Jahrhundert wurde sie aus Amerika nach Europa als Gartenpflanze eingeführt. Zunächst als Bienenweide oder Gartenpflanze angebaut, hat der Neophyt sich wild über ganz Europa verbreitet. Ins Moor kam sie durch Gartenabfälle oder Samenflug.
Der Riesen-Bärenklau (auch Herkules-Staude) stammt ursprünglich aus dem westlichen Kaukasus und wurde im 19. Jahrhundert als kuriose Zierpflanze nach Europa eingeführt. Wo der Doldenblütler wächst, verdrängt er andere Pflanzenarten vollständig. Sein Saft ist giftig und enthält sogenannte Furanocumarine, die in Verbindung mit Sonnenlicht zu schmerzhaften Quaddeln und Blasen oder Verbrennungen der Haut führen. Durch Gartenabfälle oder Samenflug kam die gefährliche Schönheit an den Wegesrand im Großen Torfmoor.
In den 1950er Jahren wurde die schnellwachsende Pappel als Holzlieferant gepflanzt. 1994 wurde der mooruntypische Baum teilweise gefällt. Einige gab es weiterhin. Sie sollten durch Staunässe absterben. 2013 wurde wieder umfangreich zur Säge gegriffen, so auch in der Nähe vom Moorhus.